当黄巢攻占长安建立伪齐后，起义军的庞大在历史上也是非常罕见的。来自唐朝各地的难民、土匪等势力纷纷加入到黄巢麾下，成为伪齐军队的一员，使的这个军队的人数急剧膨胀。同时黄巢又利用长安的特殊政治地位，大量的招揽各地节度使加入伪齐，使得这支军队的人数超过五十万，甚至有人说达到百万。这种级别的军队在生产力水平落后的古代是不可想象的，当时让唐朝所有藩镇的军队加在一起也没有这么多。虽然他们大多是战斗力低下的土匪，吃不饱肚子的难民，可以多咬死象的事情在古代战场上也是很常见的。

可是这些人数上的优势却没有被黄巢充分的发会出来，反而在之后的战争中打得缩手缩脚，面对唐朝藩镇的围攻不知所措。最后不得以在节节败退之下离开长安返回关东，然后在东归过程中一败再败，直到军队全线崩溃。而黄巢也在这种军队的崩溃中走上了人生的终点，这支庞大的军队终究不免被灭的结局。

规模如此庞大的军队，在中国古代战争史上也是很罕见的。尽管单兵作战能力不高，武器装备杂乱，可对唐朝的藩镇军队来说也是强大的对手。如果数量优势得以充分发挥，黄巢不可能短短数年时间内败亡。实际上起义军从内部开始崩溃才是急速败亡的原因，而开启这个头的便是同州防御使朱温。

朱温是黄巢手下大将，也是从起义军基层成长起来的典型将领。他本来是宋州人，父亲和祖父都是当地有名的学者和教师，有一定的声望。他与众不同，长大后不事生产，而喜欢结交豪雄勇士。唐僖宗年间中原和山东相继发生灾荒，王仙芝、黄巢等趁机裹挟难民发动农民起义。朱温与哥哥朱存一起加入了黄巢的军队，成为基层的作战士兵。黄巢军队转战岭南时，朱存战死，朱温以军功升为队长，进入基层军官行列。从此之后朱温凭着自己卓越的军事天赋屡立战功，到长安时已经成为黄巢手下独当一面的大将之一。

黄巢在长安称帝后，唐僖宗逃亡成都，路上他任命凤翔陇右节度使郑畋为京西诸道行营招都统和同中书门下平章事，负责攻打黄巢军队和收复长安的事情。郑畋先组织朝廷诏令镇东、太原、代州等节度使出兵长安勤王，又联合泾原、秦州、鄜延、夏州等关西陇右的节度使歃血为盟，拉开了唐朝大反攻的序幕。

面对四面汇聚到长安的藩镇军队，黄巢派出军队四面据敌，力图保护自己在长安的大本营。当时黄巢任命朱温为东南面行营都虞侯，带兵攻打邓州，阻止荆襄一代的唐军像长安靠拢。然后他又派心腹大将尚让、王璠出兵攻打凤翔，再追击逃往成都的唐僖宗。

面对四面围攻过来的唐朝各藩镇军队，黄巢也四面派出军队迎敌，可战果并不好，打得左支右绌。尚让和王璠在伪齐争权中都是高位，一个是宰相，一个是京兆尹，手下兵多将广，却被书生出生的郑畋打了个几乎全军覆灭。而其它各路军队抵抗唐军的效果也不理想，到处都是节节败退。唯独朱温这一路打出了威风，他攻占邓州，打退了荆襄阳方面藩镇军的围剿，稳定了东南面的局势。然后他又出兵长安西边，打退了来自陇西各地的藩镇军队，在东渭桥一代击破鄜延节度使李孝昌和夏州节度使李思恭的兵马，稳定长安的局势。

可以说在长安城收复战的第一回合，黄巢能够稳住局面，朱温是其第一功臣。所以在朱温回到长安时，黄巢亲自到灞上劳军，以表示对其功勋的奖励。这种情况让朱温在黄巢阵营中威名大振，渐渐威胁到了其它军将的地位。尤其是朱温被封为伪齐争权的同州防御使，并被派往同州独立作战后，黄巢阵营内部的关系就变得非常微妙了。

一方面对于唐朝的藩镇军的四面围攻，黄巢军队面临的战争压力极大。尤其在尚让和王璠败于郑畋后，黄巢军队里面陆陆续续的出现临阵倒戈和投降唐朝的现象，使得局势对黄巢军队和伪齐争权非常不利。

另一方面黄巢军队中将领对黄巢的不满日益增加，矛盾冲突不断激化。而这种激化也在朱温身上出现，由此引发了朱温叛变投唐的事情。这个事情成为黄巢军队和伪齐争权分崩离析的开始，在引发了一系列连锁反应后，出现大量军将投降唐朝的现象，将黄巢送上了败亡之路。

究其朱温投唐的原因，其根本还是在于黄巢军队内部矛盾极大，尤其是在伪齐建立之后。当时黄巢在长安称帝，建国“大齐”，改元金统，大肆册封官员和将领。比如尚让当了宰相、王璠当了京兆尹，孟楷当了尚书左仆射兼军容使，就连朱温都混了个诸卫大将军。

然而这些册封只是空头名声，并没有什么实质的好处。因为黄巢义军内部不是唐朝体制，而是山头林立的义军首领们的私兵。黄巢只是作为最大的头领将这些义军兵头联合起来，共同攻打长安。黄巢的封官并不能给这些义军带来任何实质性的好处，既没有大量财物的赏赐，也没有扩充兵权。实际上这些义军兵头梦寐以求的是成为割据一方的藩镇节度使，而不是所谓的宰相将军。这是当时所有唐朝军人的终极梦想，义军中大小兵头们也不例外。不论是更早发生的庞勋桂林兵变，还是王仙芝、黄巢请降，都是为了谋求节度使的权位。

然而作为义军后起之秀的朱温却得到了同州防御使的职位，并授权独立攻取同州。虽然防御使的职位不高，却授予了独立组建军队的大权，这是义军兵头们梦寐以求的。唐朝的藩镇节度使一般就是从防御使、观察使等升迁起来的，节度使便是最高级别。黄巢以朱温稳定长安城大局的功劳授予其同州防御使，允许其独立建军，独立管辖同州的军政事务，事实上让朱温成为了小型节度使。在这种情况下，长安城的义军兵头纷纷找理由离开长安，或者逃离关中，准备找个自己的地盘当节度使。

在这样的过程中，义军各个山头各自为战，互相争抢地盘，各种矛盾被激化，陷入了一片混乱之中。正好此时受到郑畋召集的唐朝藩镇军开始进行第二轮攻打长安和关中的战争，这对于义军来说就是雪上加霜。各自为战的义军自然不是藩镇军的对手，尤其是面对来自于河中节度使王重荣和雁门以北行营节度使李克用为首的北方边境强军，黄巢军队简直是不堪一击。而朱温作为黄巢军中的悍将，对上了河中节度使王重荣的数万精锐甲士，被打得节节败退。于是朱温在败退后派人向黄巢传信，请求军队支援。

可他向黄巢求救的十封奏章都被尚书左仆射兼军容使孟楷截留了，根本没有传到黄巢手里。这种情况让朱温非常窘迫，一方面面临王重荣数万大军的强大压力，另一方面却没有任何援军，生死就在须臾之间。在这种情况下军队也出现军心不稳的兆头，朱温最终选择听从亲信将领胡真、谢瞳的建议率领同州军民向王重荣投降。

朱温的投降引发了一连串连锁反应，很多在唐军的压力的苦苦支撑的义军头领宣布倒戈，于是黄巢的伪齐争权出现分崩离析的兆头。有了临阵倒戈的义军当带路党，黄巢也就在关中呆不下去了，只能选择向东撤退，逃离长安。

分析朱温选择背叛黄巢，投靠唐朝的原因，最为主要的便是义军中的矛盾激化和互相倾轧。在内外交困的情况下，义军内部还出现这种内耗的事情，对于义军来说是雪上加霜的。再加上朱温又面临生死抉择的关头，他主动投靠王重荣也是最为合理的选择。由于朱温在义军中地位较高，投靠唐朝后又受到唐僖宗的礼遇，被封为左金吾卫大将军的官职，担任河中行营副招讨使，又赐名“全忠”。这让义军的大小兵头们看到了生的出路，于是引发了连锁反应，加剧了义军内部的分裂和崩溃，让黄巢大军走向灭亡。